htsjdk库ReferenceSequence类介绍

ReferenceSequence是 HTSJDK 库中的一个类，用于表示基因组参考序列的一个特定区域。它是处理参考基因组数据时的关键类，提供了对参考序列的访问和操作功能。

ReferenceSequence类概述

功能

• 表示参考序列：

  • ReferenceSequence类封装了参考基因组中某个 contig（染色体或 contig）的序列数据，包括序列的名称、起始位置以及实际的核苷酸序列。

• 提供序列数据：

  • 该类提供了对序列的各种操作，如获取序列的碱基字符串、访问序列的部分区域等。

主要属性和方法

1. 序列名称和位置：

   • getName()：返回参考序列的名称（即 contig 名称）。
   • getStart()：返回序列的起始位置（1-based）。
   • getEnd()：返回序列的结束位置（1-based）。

2. 序列数据：

   • getBaseString()：返回参考序列的核苷酸字符串（即序列本身）。例如，"ACGT"。
   • getBases()：返回参考序列的碱基数组。
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