DataWhale夏令营（机器学习方向）——分子性质AI预测挑战赛_业界新闻

发布时间:2024-07-19 15:20

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#AI夏令营 #Datawhale #夏令营

该笔记是在博主Mr.chenlex跑分后的基础上加以改进，原文连接：Datawhale AI夏令营 - 机器学习：分子性质AI预测挑战赛#ai夏令营datawhale#夏令营-CSDN博客

Baseline改进前后代码介绍

Baseline改进前后跑分结果

直接套用原博主的Baseline（需另进行库的下载以及配置，下文会进行说明）运行后的A榜分数为：0.74359

改进后的Baseline的A榜分数为：0.7619

改进思路及过程

导入模块

import numpy as np import pandas as pd from catboost import CatBoostClassifier from sklearn.model_selection import KFold from sklearn.metrics import f1_score from rdkit import Chem from sklearn.feature_extraction.text import TfidfVectorizer

相关库的解释与说明请移步原博主文章，在此不再赘述：Datawhale AI夏令营 - 机器学习：分子性质AI预测挑战赛#ai夏令营datawhale#夏令营-CSDN博客

这里解释一下，为什么不再引用wornings的库并且只使用KFold这一种验证方法，原文引用wornings库的目的是忽略警告，而在实际运行中，显示的这条警告意味着在训练过程中，模型会频繁地评估其性能指标，而不会按照预设的间隔进行评估，从而可能出现过拟合的情况。

数据预处理

数据预处理部分没有实质性的改动，就是读入文件时，要根据自己的实际路径进行读入：

train = pd.read_excel('./data/data280993/traindata-new.xlsx') test = pd.read_excel('./data/data280993/testdata-new.xlsx')  train = train.drop(['DC50 (nM)', 'Dmax (%)'], axis=1)  drop_cols = [] for f in test.columns:     if test[f].notnull().sum() < 10:         drop_cols.append(f)  train = train.drop(drop_cols, axis=1) test = test.drop(drop_cols, axis=1)  data = pd.concat([train, test], axis=0, ignore_index=True)

特征工程

主要是在自然数编码进行了简化：

原代码利用的是字典映射和map函数，可以自定义编码顺序并返回可读性好的标签，但需要额外的内存空间，并因其自定义的排序打乱了原本数据的顺序，会影响学习程度，丢失一定的普适性。

# 自然数编码 def label_encode(series):     unique = list(series.unique())     return series.map(dict(zip(         unique, range(series.nunique())     ))) 原文链接：https://blog.csdn.net/m0_51789661/article/details/140188167

而简化后直接使用了pandas内置的优化方法，转换速度较快，并且category类型在内存使用上比较节省。最重要的一点是，按照默认顺序进行学习，可以增强学习的普适性。

def label_encode(series):     return series.astype('category').cat.codes

模型训练与预测

在此环节，只是简化了一些自定义的参数，使代码更加简洁和易读。

完整代码展示

!pip install lightgbm openpyxl !pip install --user catboost !pip install --user rdkit !pip show rdkit import sys sys.path.append('/home/aistudio/.local/lib/python3.10/site-packages')  # 1. 导入需要用到的相关库 import numpy as np import pandas as pd from catboost import CatBoostClassifier from sklearn.model_selection import KFold from sklearn.metrics import f1_score from rdkit import Chem from sklearn.feature_extraction.text import TfidfVectorizer  # 2. 数据预处理 train = pd.read_excel('./data/data280993/traindata-new.xlsx') test = pd.read_excel('./data/data280993/testdata-new.xlsx')  train = train.drop(['DC50 (nM)', 'Dmax (%)'], axis=1)  drop_cols = [] for f in test.columns:     if test[f].notnull().sum() < 10:         drop_cols.append(f)  train = train.drop(drop_cols, axis=1) test = test.drop(drop_cols, axis=1)  data = pd.concat([train, test], axis=0, ignore_index=True)   # 3 特征工程 data['smiles_list'] = data['Smiles'].apply(lambda x: [Chem.MolToSmiles(mol, isomericSmiles=True) for mol in [Chem.MolFromSmiles(x)]]) data['smiles_list'] = data['smiles_list'].map(lambda x: ' '.join(x))  tfidf = TfidfVectorizer(max_df=0.9, min_df=1, sublinear_tf=True) res = tfidf.fit_transform(data['smiles_list'])  tfidf_df = pd.DataFrame(res.toarray(), columns=[f'smiles_tfidf_{i}' for i in range(res.shape[1])]) data = pd.concat([data, tfidf_df], axis=1)  def label_encode(series):     return series.astype('category').cat.codes  for col in data.columns[2:]:     if data[col].dtype == 'object':         data[col] = label_encode(data[col])  train = data[data['Label'].notnull()].reset_index(drop=True) test = data[data['Label'].isnull()].reset_index(drop=True)  features = [f for f in train.columns if f not in ['uuid', 'Label', 'smiles_list']]  x_train = train[features] x_test = test[features]  y_train = train['Label'].astype(int)   # 4. 模型训练与预测 def cv_model(clf, train_x, train_y, test_x, clf_name, seed=2022):     kf = KFold(n_splits=5, shuffle=True, random_state=seed)      train_preds = np.zeros(train_x.shape[0])     test_preds = np.zeros(test_x.shape[0])      cv_scores = []      for i, (train_index, valid_index) in enumerate(kf.split(train_x)):         print(f'Fold {i+1}/{kf.n_splits}')          trn_x, trn_y = train_x.iloc[train_index], train_y.iloc[train_index]         val_x, val_y = train_x.iloc[valid_index], train_y.iloc[valid_index]          model = clf(iterations=20000, learning_rate=0.1, depth=6, l2_leaf_reg=10, bootstrap_type='Bernoulli',                     random_seed=seed, od_type='Iter', od_wait=100, allow_writing_files=False, task_type='CPU',                     eval_metric='AUC')          model.fit(trn_x, trn_y, eval_set=(val_x, val_y), verbose=100, use_best_model=True)          val_pred = model.predict_proba(val_x)[:, 1]         test_pred = model.predict_proba(test_x)[:, 1]          train_preds[valid_index] = val_pred         test_preds += test_pred / kf.n_splits          cv_scores.append(f1_score(val_y, np.where(val_pred > 0.5, 1, 0)))      print(f"{clf_name} score list:", cv_scores)     print(f"{clf_name} mean score:", np.mean(cv_scores))     print(f"{clf_name} std score:", np.std(cv_scores))      return train_preds, test_preds  cat_train, cat_test = cv_model(CatBoostClassifier, x_train, y_train, x_test, "CatBoost")  pd.DataFrame(     {         'uuid': test['uuid'],         'Label': np.where(cat_test>0.5, 1, 0)     } ).to_csv('submit.csv', index=None)