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Ovito是一款功能强大的原子和分子可视化及分析软件,它支持多种粒子模拟数据的可视化与分析。以下是在Linux下使用Ovito的相关教程和资源:
Linux下Ovito的安装教程
- 安装OVITO的Python模块:首先,申请计算资源并加载miniconda3。然后,创建一个新的Python环境,并安装ovito。具体步骤包括:
srun -n 4 -p cpu --pty /bin/bash
:申请计算资源。module load miniconda3
:加载miniconda3。source activate ovito
:激活ovito环境。conda create -n ovito python=3.8.18
:创建新的Python环境。conda install --strict-channel-priority -c https://conda.ovito.org -c conda-forge ovito=3.9.4
:安装ovito。
- 运行OVITO的Python模块:在激活的ovito环境中,可以通过命令行运行ovito脚本。例如:
ovitos --nthreads 40 test.py
:使用40线程运行ovito脚本。
Linux下Ovito的使用教程
- 基本操作:包括如何导入数据图,使用Expression selection和Invert selection模块进行数据处理,以及导出数据等步骤。
- 并行使用:在Linux下,Ovito可以通过命令行方式实现并行计算,提高数据处理效率。例如,使用
ovitos --nthreads 40 test.py
命令可以指定40个线程进行计算。 - 空间平均作图:如何利用Ovito实现空间平均法,绘制更均匀漂亮的原子云图。
Ovito的官方资源和支持服务
- 官方文档:OVITO的官方文档提供了软件的介绍、安装指南、使用教程等详细信息。
- 支持服务:OVITO提供一对一的邮件和视频聊天支持,以及个性化的培训服务,帮助用户更好地利用软件。
希望这些资源能帮助您更好地在Linux下使用Ovito。如果您在使用过程中遇到任何问题,不妨联系Ovito的官方支持团队获取帮助。