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要设置NGINX的网站运行目录，你需要进行以下步骤：
1. 打开NGINX的配置文件。默认情况下，该文件位于 `/etc/nginx/nginx.conf`。
2. 在配置文件中找到 `server` 块，该块对应着一个虚拟主机的配置。如果你只有一个网站，那么可能只有一个 `server` 块。
3. 在 `server` 块内，找到 `root` 指令，并将其值设置为你想要的网站运行目录的路径。例如，如果你想将网站文件放在 `/var/www/example.com` 目录下，可以将 `root` 设置为 `root /var/www/example.com;`。
4. 保存并关闭配置文件。然后重新加载NGINX配置，以使更改生效。可以使用以下命令重新加载配置：`sudo systemctl reload nginx`。
5. 确保你的网站文件存在于所设置的目录中，并且具有正确的权限。
完成上述步骤后，你的网站将使用所设置的目录作为其运行目录。
